鹽城市衛生監督所為依照公務員制度管理、副處級建制的事業單位，受市衛生局委托，行使衛生行政綜合執法職能。內設8個科室和1個開發區分所。各科室的主要職能為：辦公室負責行政、黨務、精神文明、人事、勞資、財務、檔案、圖書、車輛、總務后勤等管理工作；綜合業務（稽查）科負責各項業務工作的組織、協調、管理、督辦、考核，衛生監督執法稽查和受理投訴舉報并組織查處、督辦和反饋等工作；衛生許可審查科主要負責衛生行政許可的受理、審查和出證等工作；政策法規（宣傳培訓）科負責衛生行政案件查處、宣傳培訓、從業人員培訓等工作；衛生監督一科牽頭負責食品及飲用水衛生監督監測；衛生監督二科牽頭負責公共場所單位及校園內食品衛生監督監測；衛生監督三科負責醫療機構、采供血機構、幼托機構、消殺產品衛生質量以及傳染病防治監督監測；衛生監督四科負責職業衛生、放射衛生監督監測；開發區分所承擔開發區境內衛生監督監測綜合管理職能。
該所成立以來，在市委、市政府和市衛生局的正確領導以及社會各有關部門的關心支持下，始終堅持以“三個代表”重要思想和科學發展觀為指導，以“為人民健康服務，為經濟發展服務，為構建和諧社會服務”為宗旨，以“依法行政，文明執法，遵紀守法”為要求，大力弘揚“與時俱進，創新創業”的精神，實現了“三個文明協調發展，兩個效益同步提高”的奮斗目標，先后被市委、市政府表彰為“抗擊非典先進集體”、“打假工作先進集體”等，并獲得省文明單位、市文明標兵單位等一系列殊榮。
加強行風職業道德建設、樹立衛生監督機構新形象是該所常抓不懈的工作，在向社會作出公開承諾、主動接受社會監督的同時，主動加強內部管理，使該項工作取得了長足進展。全所干部職工熱忱歡迎社會各界繼續給予關心支持與監督指導。